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IP生活小百科 | 基因剪刀“CRISPR-Cas9”

发布时间:2021-07-21
责任编辑:王雪
来源:中国知识产权网

摘要:科技在发展,技术在迭代,CRISPR-Cas9的出现带动了一批论文发表和专利申请的热潮,CRISPR-Cas9技术究竟魅力何在?本文带您一探究竟。

  “不知细叶谁裁出,二月春风似剪刀”,古人曾比喻春风像剪刀一样,裁剪出了杨柳细长宛转的枝条。春风当然不可能是真的剪刀,事实上,柳叶的细与不细应取决于它的基因,是基因决定了树木表现出细叶、阔叶或者是针叶的性状。但在科研中也确实有一些“剪刀”,像春风一样无声地“裁剪”着万千物种的表现形态,让它们生长成我们需要的模样。

  在生物科技的基因编辑领域,有三大利器:锌指核酸酶(ZFN)、转录激活样效应因子核酸酶(TALEN)和起源于规律间隔成簇短回文重复序列的技术(CRISPR-Cas9)。相对来说,ZFN和TALEN是出现较早一些的技术,应用也比较广泛,而CRISPR-Cas9出现较晚,但表现非常抢眼,在生物医学的知名网站PubMed上,CRISPR-Cas9相关文献在几年内呈爆发式增长,2020年,CRISPR-CAS9基因编辑技术甚至还“跨界”赢得了诺贝尔化学奖。作为对新兴技术最敏感的专利申请领域,也随之有了量的突破。

图1 历年CRISPR-Cas9专利申请公开与授权公开量变化

(数据来源:Inspiro知识产权大数据与智慧服务系统 制图:中国知识产权网)

  CRISPR-Cas9技术究竟魅力何在?CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)是很多细菌都有的一种核苷酸序列,简单说来,它就像夹心饼干一样,两个重复序列夹着一个间隔序列,成为一块夹心饼干,很多个这样的饼干排列成一串,最前端再放一个前导序列,就大致构成了一个规律的、成簇的、短回文重复序列,也就是CRISPR。不同细菌的CRISPR也各有差异,最初,人们以为CRISPR是细菌的个性化标记,通过检测CRISPR来确定它是哪一种菌株。后来人们发现,CRISPR其实并不是细菌本身的序列,它是细菌自我保护的见证。当细菌被病毒、噬菌体等“外敌”入侵的时候,如果细菌不做任何反应,入侵的病毒和噬菌体会利用细菌内部的资源来不停地复制自己,最终细菌凋亡。所以为了积极防御,细菌内的Cas蛋白会冲上去把“外敌”的核苷酸切开,使之无法复制而死亡,并且切下来一小段核酸当做间隔区,再自己补上两个回文重复序列,做成一块“夹心饼干”,整合到自己的DNA里面去。每遇到一次“外敌入侵”,就做一块“夹心饼干”,漫长的岁月演化,就形成了冗长的CRISPR,装载在细菌基因里,形成特殊的“基因记忆”。当细菌遇到同一“外敌”的第二次入侵时,就能根据记忆而迅速地做出反应,有的放矢地把对方切开。CRISPR-Cas9就相当于是细菌的免疫系统。

图2 CRISPR-Cas9系统的简易示意图

(图片来源:CRISPR/Cas9 Immune System as a Tool for Genome Engineering;Arch. Immunol. Ther. Exp. (2017) 65:233–240)

  黑色的方框是回文重复序列(图中标记为Repeat),在同一菌种内是比较固定的,只在不同菌种之间才有差异。“五颜六色”的方框是由外源基因决定的间隔序列(Spacer),外源基因根据研究需要而各式各样,所以它们的变化也很大。在它们前面的橙色方框是前导序列(Leader),包含启动子,可以让CRISPR基因座开始转录,转录之后形成长前体RNA(pre-crRNA),然后再变为一个一个的成熟核糖核酸片段(crRNA),主动识别特定的核酸,Cas9进行切割,这样就组成了一个基因编辑的小分队。

  既然CRISPR-Cas9能切割核酸,那么除了被动地等待切割“入侵”的病毒噬菌体,是不是也能主动出击去切割人类的致病基因呢?科研人员为它找了一个新用途。如果我们人为设计一个核酸片段(sgRNA),“介绍”给CRISPR-Cas9系统认识,辅助蛋白(Cas9)就能按照我们的需要,在特定的细胞中、根据特定的DNA位置,切断双链。当人或动物细胞的DNA双链断裂以后,将会自动进行两种修复,一是NHEJ(非同源末端连接)修复,DNA断裂的两端强行重新再连接,但中间会丢掉一点小片段,二是HDR修复(同源重组修复),基因努力进行高保真的原样修复,但实际效果往往不保真。无论哪种,都会造成这段DNA中部分碱基的缺失、插入或突变,而DNA在编码蛋白时,是三个碱基编码一个氨基酸,一组一组地排列很有顺序,如果中间缺失或插入了几个碱基,虽然数量不多,但是三个一组的规律被打破,下游一系列的密码都随之改变(移码突变),就像多米诺骨牌一样,一组一组的密码子全都面目全非了。如果这段DNA恰好编码某个基因,可能这个基因就不再表达,如果这个基因恰好决定个体的某个性状,可能这个性状就会发生重大变化。例如玉米的产量改变(CN202010653774.X),绵羊的毛色改变(CN201610431828.1)等等。CRISPR-Cas9可以操作的基因非常多,因此其技术应用范围非常广泛。

  以下是CRISPR-Cas9相关专利的几种重要分类号的分析,随着时间的推移,每种IPC分类号所涉及的专利数量都有增长,但增长幅度又不同步:

图3 不同IPC分类号下CRISPR专利的演变

(数据来源:Inspiro知识产权大数据与智慧服务系统 制图:中国知识产权网)

  在图中可以看到,A23C9/12分类号的技术领域是鉴定细菌,在早期有少量出现,当时人们还以为CRISPR是细菌自身特有的基因,还在用它鉴定细菌的身份,随着认识的加深,这个分类的专利不再出现了。

  C12N15/10、C12N15/11两个分类号的专利随着时间的推移而增加,它们往往侧重于CRISPR-Cas9系统中的核酸搭建,这时人们开始主动设计核糖核酸片段(RNA),例如申请文件中提到的成熟的RNA(crRNA)、向导RNA(gRNA)、单向导RNA(sgRNA)等,诱导Cas9去切割核酸,CRISPR-Cas9已经正式晋升为基因编辑工具,一把新的“剪刀”在生物科学领域横空出世。

  A01K67/027相关的专利中往往是经过基因编辑的动物模型、基因突变体。例如专利CN107502608A(申请号201710803984.0),研究了一个从古至今的谜题——为什么有人“斗酒诗百篇”,有人却是沾酒即醉?究竟酒量是天生决定还是后天锻炼的结果?按照生物化学理论,酒精被人体吸收后,在乙醇脱氢酶(ADH)的作用下转变为乙醛,之后在乙醛脱氢酶(ALDH)的作用下转变为乙酸,人体内这两种酶的数量决定了酒量的大小,如果两种酶的水平都比较高,那么豪饮的美酒很快就可以代谢掉,人也不带醉意,如果两种酶的水平都比较低,那么酒精会非常缓慢地逐渐代谢,醒酒时间非常长,虽然“浓睡不消残酒”,但伤害还不算最大。最不好的一种情况是乙醇脱氢酶很高而乙醛脱氢酶很低,酒精会迅速变成乙醛,然后因为无法进一步代谢而大量蓄积在体内,乙醛对人有毒性,这也是很多危险的酒精中毒(实际上是“乙醛中毒”)发生的原因。当然,健康专家建议,无论一个人有多么好的酶基因,都最好不要饮酒。

  ALDH2是乙醛脱氢酶一个重要亚型,位于人体第12号染色体上,通过CRISPR-Cas9技术制备一种ALDH2基因缺陷型的细胞株,可以模拟上述的病理过程,可用于研究与酒精摄入相关的疾病。专利CN107502608A删除了ALDH2基因的几个外显子中的小片段,得到ALDH2丧失活性的细胞株,这个细胞株为慢性疾病(如酒精性肝脏疾病及糖尿病)及肿瘤相关疾病的研究提供了有力工具。

  如下图中所显示的,在ALDH2的第五个外显子(excon5)中切除4个碱基(4bp deletion),这段基因从正常的TCCCC"ATGG"ACGGAGA变成了TCCCCACGGAGA,中间的"ATGG"已经被剪切掉了:

图4 ALDH2酶基因编辑

(图片来源:中国专利CN107502608A)

  辅助蛋白(Cas9)在切割核酸时依靠靶向特异性短序列(PAM)定位,靶向特异性短序列(PAM)是几个特定的碱基,一般出现在想要切割的核酸序列的羟基端(3'端),Cas选择它们作为下刀的落脚点。PAM在人和动物的基因中广泛存在,所以Cas可以切割的基因也非常多,相应地,可以制备的动物模型、可以治疗的疾病的种类也非常多。在中国发明申请公开中检索与疾病治疗相关的专利,除了上面举的例子之外,以下还有一些常见的类型:

图5 CRISPR-Cas9用于基因治疗的专利

(数据来源:Inspiro知识产权大数据与智慧服务系统 制图:中国知识产权网)

  人类的特征就是会使用工具,而现代人的特征就是喜欢评价自己使用的工具。CRISPR-Cas9是一把簇新的基因编辑剪刀,究竟好不好用,还要和别的剪刀比一比才知道。检索CRISPR-Cas9与它的两个“前辈”——锌指核酸酶、转录激活样效应因子核酸酶同时出现的专利,看看专利申请人们认为CRISPR-Cas9都有哪些优点。通过列举关键词可以看出,成本低、效率高、工艺便捷,是它的最大特色:

图6 CRISPR-Cas9关键词出现频率示意图

(制图:中国知识产权网)

  科技在发展,技术在迭代,CRISPR-Cas9的出现带动了一批论文发表和专利申请的热潮,未来它还将发挥怎样出色的基因编辑作用,这把“剪刀”如何在安全、合法、合理的范围内创造出多少世界所承认的奇迹,让我们拭目以待。(作者:吴秋颖)

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